Працював військовим лікарем фортечної артилерії в Лібаві (тепер Лиєпая), з власної ініціативи лікував дітей бідняків, за що отримав нагороду комітету Товариства опікування бідними та хворими дітьми.
Початок трудової діяльності М. Руднєва співпав із розвитком в Росії педіатрії як окремої галузі медицини. Він стажувався у М.П. Гундобіна, одного з основоположників наукової педіатрії. Працюючи в клиніці М.П. Гундобіна, а потім професора А.П. Шкаріна, він одночасно проводив експериментальну роботу в фармакологічній лабораторії академіка Н.П. Кравкова. 1910 р. захистив докторську дисертацію «Комбинированное действие лекарственных веществ на изолированное сердце». М.Ф. Руднєв працював у дитячій клініці професора А.Н. Шкаріна, в дитячій клиніці Військово-медичної академії.
У 1924 р. М.Ф. Руднєв разом із родиною переїхав до Катеринослава, очолив кафедру педіатрії при медичному інституті. У місті була лише одна дитяча лікарня, довний час єдина і для Донбасу, Запорізької та частково Херсонської і Миколаївської областей. За ініціативою та за участі Михайла Федоровича було організоване перше відділення для дітей раннього віку та біохімічна лабораторія, а також Дніпропетровський інститут охорони материнства та дитинства, молочна кухня, Дніпропетровське товариство дитячих лікарів. За короткий час він створив передову клініку, названу згодом його іменем.
Михайло Федорович був зразковим лектором. На його лекції для студентів приходили лікарі, щоб послухати про сучасні досягнення педіатрії. До лекцій він готувався надзвичайно серйозно та відповідально.
Помер лікар 23 квітня 1930 р. в розквіті творчих сил, похований у Дніпропетровську.
Наслідуючи приклад М. Руднєва, його син, онуки, онучки та наступні покоління стали лікарями. Віддаючи шану родоначальникові династії лікарів, вони оновили пам’ятник на могилі Михайла Федоровича Руднєва. На його відкритті були присутні студенти Дніпропетровського медичного інституту, співробітники клініки, яка з 1970 р. має ім’я М.Ф. Руднєва.